Када се ЦНЦ систем активира, жељени резови се програмирају у софтвер и диктирају одговарајућим алатима и машинама, који извршавају димензионалне задатке како је наведено, слично као робот.
У ЦНЦ програмирању, генератор кода унутар нумеричког система често претпоставља да су механизми беспрекорни, упркос могућности грешке, која је већа кад год је ЦНЦ машина усмерена да сече у више од једног смера истовремено. Постављање алата у систем нумеричке контроле оцртано је низом улаза познатих као програм делова.
Код машине за нумеричку контролу, програми се уносе преко бушених картица. Насупрот томе, програми за ЦНЦ машине се уносе у рачунаре преко малих тастатура. ЦНЦ програмирање се задржава у меморији рачунара. Сам код пишу и уређују програмери. Стога, ЦНЦ системи нуде далеко већи рачунски капацитет. Најбоље од свега, ЦНЦ системи никако нису статични јер се новији упити могу додати већ постојећим програмима кроз ревидирани код.